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「医療費が10万円を超えないと医療費控除は使えない」と思って、レシートを捨てていませんか。実は10万円に届かなくても使える人がいますし、ドラッグストアの市販薬だけで12,000円を超えれば使える別の制度もあります。この記事では、国税庁の公表内容をもとに、どちらを選ぶべきかを判断できるところまで整理します。
- 医療費控除＝（支払った医療費 − 保険金などで補てんされる金額）− 10万円。総所得金額等が200万円未満の人は「10万円」ではなく「総所得金額等の5%」で計算します（控除額は最高200万円）。
- セルフメディケーション税制＝対象医薬品の購入額のうち12,000円を超える部分（上限88,000円）。適用期間は平成29年1月1日から令和8年（2026年）12月31日までと国税庁が明記しています。
- 両方は使えません（選択適用）。しかも修正申告や更正の請求であとから選択を変更することはできません。ここが最大の落とし穴です。
- セルフメディケーション税制は健診・予防接種など「一定の取組」を申告する本人が行っていることが条件。家族が受けている必要はありません。
- 還付申告は翌年1月1日から5年間できます。過去の分を今から出すこともできます。
関連記事：高額療養費制度の使い方／確定申告のやり方／ハブ：暮らしの手続きガイド・固定費見直しガイド
医療費控除の計算式｜「10万円の壁」は全員に当てはまらない
国税庁は医療費控除の金額を次の式で示しています（最高200万円）。
※その年の総所得金額等が200万円未満の人は、10万円ではなく「総所得金額等の5%」
つまり所得が低い人ほど、少ない医療費でも控除が使えます。たとえば総所得金額等が150万円の人なら、差し引くのは10万円ではなく7万5,000円（150万円×5%）です。パート収入がある方、年金生活の方、年の途中で退職した方は必ず自分の総所得金額等を確認してください。
- 差し引くのは、生命保険の入院給付金、健康保険の高額療養費・家族療養費・出産育児一時金などです。
- 国税庁は「補てんされる金額はその給付の目的となった医療費の金額を限度として差し引くので、引ききれない金額が生じた場合であっても他の医療費からは差し引かない」としています。
- つまり入院給付金が入院費を上回っても、その余りを通院費から引く必要はありません。ここを知らずに損をしている人が多い論点です。
セルフメディケーション税制｜市販薬だけで使える「12,000円の壁」
セルフメディケーション税制は医療費控除の特例です。国税庁の説明では、平成29年1月1日から令和8年12月31日までの間に、自分または生計を一にする家族のために特定一般用医薬品等（いわゆるスイッチOTC医薬品など）を購入した場合、12,000円を超える部分（88,000円を限度）を控除できます。
- ① 保険者（健康保険組合等）が実施する健康診査（人間ドック、各種健（検）診等）
- ② 市区町村が健康増進事業として行う健康診査
- ③ 予防接種（定期接種、インフルエンザワクチンの予防接種）
- ④ 勤務先で実施する定期健康診断（事業主検診）
- ⑤ 特定健康診査（いわゆるメタボ検診）、特定保健指導
- ⑥ 市区町村が健康増進事業として実施するがん検診
注意点が2つあります。ひとつは「一定の取組」を行う必要があるのは申告する本人だけで、生計を一にする家族が受けている必要はないこと。もうひとつは健診や予防接種にかかった費用そのものは控除の対象にならないことです。
対象の医薬品かどうかは、レシートに「控除対象」である旨が記載されているかで分かります。一部の商品はパッケージに識別マークが付いています。対象品目の一覧は厚生労働省のサイトで公表されています。
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医療費の集計から還付額の計算までをまとめて片づける
医療費控除でつまずくのは「1年分のレシートを集計する」ところです。会計ソフトを使うと、家族分の医療費や保険金で補填された額を入力するだけで控除額が自動計算され、そのままe-Taxまで進めます。無料で試せる範囲があるので、申告直前からでも間に合います。
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どっちが得か｜控除額で比べる
2つの制度は選択適用です。同じ年に両方を使うことはできません。判断はシンプルで、控除額（所得から差し引ける金額）が大きいほうを選ぶだけです。
※上記は保険金等の補てんがない前提で、記事内の計算式にあてはめた編集部の試算です。実際の控除額・還付額はほかの所得や控除によって変わります。
| 項目 | 医療費控除 | セルフメディケーション税制 |
|---|---|---|
| 対象 | 病院・薬局での医療費（生計を一にする家族分を含む） | 特定一般用医薬品等（スイッチOTC医薬品等）の購入費 |
| 差し引く金額 | 10万円（総所得金額等200万円未満は総所得金額等の5%） | 12,000円 |
| 控除の上限 | 200万円 | 88,000円 |
| 追加の条件 | なし | 健診・予防接種など「一定の取組」を申告者本人が行っていること |
| 適用期間 | 恒久 | 平成29年1月1日〜令和8年（2026年）12月31日 |
| 提出書類 | 医療費控除の明細書 | セルフメディケーション税制の明細書 |
| 医療費集計フォーム | 使える | 使えない |
- 選択の変更は後からできません。国税庁は「修正申告又は更正の請求において、選択を変更することはできません」と明記しています。最初の申告で選び間違えると、その年は確定です。
- 迷ったら両方の金額を計算してから申告してください。確定申告書等作成コーナーに両方入力して比べるのが確実です。
- 市販薬の購入費は、治療や療養に必要なものであれば通常の医療費控除の対象にもなります。「市販薬＝セルフメディケーションのみ」ではありません。医療費が多い年は、市販薬も含めて医療費控除でまとめたほうが有利になることがあります。
申告書は国税庁の作成コーナーで無料で作れる
医療費控除もセルフメディケーション税制も、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」に金額を入力すれば、控除額と還付見込額が自動で計算されます。医療費の集計フォーム（Excel）も同じサイトから無料で入手できます。
申告の流れ｜レシート整理から還付までを時系列で
手続きは「医療費控除の明細書」または「セルフメディケーション税制の明細書」を確定申告書に添付して所轄税務署に提出します。領収書の添付は不要になりましたが、自宅で5年間の保管が必要です（申告期限等から5年を経過する日までの間、提示または提出を求められる場合があります）。
- マイナポータル連携：医療費通知情報を取得して確定申告書等作成コーナーに自動入力できます。事前に代理人設定をすれば、家族分の医療費通知情報もまとめて取得できます（家族それぞれのマイナンバーカードが必要）。
- 医療費集計フォーム：領収書が多い人向けの表計算フォーマット。作成コーナーで読み込めます。ただしセルフメディケーション税制では使えません。
- 医療費通知（医療費のお知らせ）：健保から届く通知を添付すると、明細書の記載を簡略化できます。
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あなたの場合はこう｜状況別の判断
| あなたの状況 | 向いている制度 | 理由と注意点 |
|---|---|---|
| 入院・手術があった年 | 医療費控除 | 金額が大きく10万円を超えやすい。高額療養費や入院給付金は差し引く |
| 出産があった年 | 医療費控除 | 出産費用は対象になるが、出産育児一時金は差し引く |
| 歯の治療（自費）が続いた年 | 医療費控除 | 自由診療でも治療目的なら対象になり得る。美容目的は対象外 |
| 通院は少ないが花粉症・胃腸薬などをよく買う | セルフメディケーション税制 | 12,000円は意外と超える。ただし健診等を本人が受けていることが条件 |
| 総所得金額等が200万円未満 | 医療費控除を先に検討 | 差し引くのが「総所得金額等の5%」になるため、少ない医療費でも使える |
| 家族の医療費を自分が払っている | 医療費控除 | 生計を一にしていれば同居していなくても合算できる |
| 健診も予防接種も受けていない | 医療費控除のみ | セルフメディケーション税制は使えない |
共働き世帯では、医療費を誰が払ったかで申告者が決まります。合算して所得の高いほうで申告すると税率が高いぶん還付が大きくなりやすい一方、総所得金額等が200万円未満の配偶者が申告すると「5%基準」で足切り額が下がる、という逆のパターンもあります。どちらが有利かは両方計算して比べるのが確実です。
現場でつまずくのはここ｜イレギュラーと対処法
レシートを捨ててしまった
体験談では「1年分ためたつもりが、ドラッグストアのレシートだけ抜けていた」という声が目立ちます。医療費通知（医療費のお知らせ）は健康保険を使った分しか載らないため、市販薬・自費診療・通院交通費は自分で記録するしかありません。スマホで撮って月ごとのフォルダに入れるだけでも、翌年の負担がまったく違います。
通院の交通費はどう扱う？
公共交通機関を使った通院の交通費は対象になり得ますが、領収書が出ないことが多い交通手段もあります。日付・行き先・金額をメモしておくのが実務上の対応です。自家用車のガソリン代や駐車場代の扱いなど判断が分かれる項目もあるため、迷ったら税務署に確認してください。
年をまたぐ支払い
国税庁は「未払いの医療費は、現実に支払った年の医療費控除の対象」としています。12月に受診して1月に支払った場合は翌年分です。年末年始の入院やクレジットカード払いは、どちらの年に入るかを必ず確認してください。
保険金の額がまだ確定していない
保険金の請求中で金額が確定していない場合の扱いについて、国税庁は質疑応答事例を公表しています。見込額で計算し、確定後に差が出たら修正するという考え方になりますので、該当する方は税務署に相談してください。
※体験談として紹介した内容は編集部が個人の投稿等で確認した傾向です。税務上の取り扱いは必ず国税庁の情報および税務署でご確認ください。
編集部の価値判断｜どこまで手間をかけるか
医療費控除は「やれば必ず得」ではありません。控除額に税率をかけた金額が実際に戻る目安なので、控除額が3万円で税率5%なら戻るのは1,500円程度です。そのために何時間もレシートを整理するかは価値観の問題です。
- マイナポータル連携で自動取得できる分だけで申告する。手入力ゼロで終わります。
- 医療費が明らかに10万円を超えた年（入院・出産・歯の治療など）だけ申告する。
- 市販薬のレシートは、年間12,000円を超えそうなときだけまとめる。
- 家族全員分を1人に合算し、どちらの申告者が有利かを両方計算して比べる。
- 通院交通費・自費診療・市販薬まで拾い、医療費控除とセルフメディケーション税制の両方を試算する。
- 過去5年分をさかのぼって還付申告する。医療費が多かった年の記憶があるなら、通知や明細を取り寄せて確認する価値があります。
- 控除額が小さいのに、有料の申告代行を頼むこと。還付額より費用が上回ることがあります。
- 「医療費控除で税金が全部戻る」という理解。戻るのは控除額×税率の部分だけです。
- 対象かどうか怪しい支出を無理に含めること。美容目的・健康増進目的のものは原則対象外です。
よくある質問
医療費が10万円を超えていなくても医療費控除は使えますか？
使える場合があります。その年の総所得金額等が200万円未満の人は、差し引くのが10万円ではなく「総所得金額等の5%」になるためです。たとえば総所得金額等が120万円なら6万円を超えた分が控除対象になります。
医療費控除とセルフメディケーション税制は両方使えますか？
使えません。どちらか一方を選ぶ「選択適用」です。さらに、修正申告や更正の請求であとから選択を変更することもできないため、申告前に両方を計算して有利なほうを選んでください。
セルフメディケーション税制はいつまで使えますか？
国税庁は適用期間を平成29年1月1日から令和8年（2026年）12月31日までと明記しています。今後の税制改正で扱いが変わる可能性があるため、申告の際は国税庁の最新情報を確認してください。
家族の分の医療費もまとめられますか？
自分と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費が対象です。同居していなくても、仕送りなどで生計を一にしていれば合算できます。セルフメディケーション税制でも家族分の医薬品購入費を含められます。
健康診断を受けていないとセルフメディケーション税制は使えませんか？
健診・予防接種など「一定の取組」を申告する本人が行っている必要があります。インフルエンザの予防接種でも要件を満たします。なお、その取組にかかった費用自体は控除の対象になりません。
領収書は提出しなくていいのですか？
明細書を添付すれば領収書の提出は不要ですが、自宅で5年間保管する必要があります。申告期限等から5年を経過する日までの間、提示または提出を求められる場合があります。
過去の分をさかのぼって申告できますか？
還付申告書は、その年の翌年1月1日から5年間提出できます。医療費が多かった年で申告していない年があれば、今からでも還付を受けられる可能性があります。
高額療養費を受け取った場合はどう計算しますか？
高額療養費は「保険金などで補てんされる金額」として差し引きます。ただし、その給付の目的となった医療費の金額を限度として差し引くため、引ききれない分を他の医療費から差し引く必要はありません。
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あなたの体験を聞かせてください
この手続きで「実際はこうだった」「ここでつまずいた」という経験があれば、体験談募集フォームから教えてください。許諾をいただいたものだけ、出所を明示して記事に反映します。
次にやること
- 今年の分：レシートを月ごとにまとめる箱かフォルダを1つ作る
- セルフメディケーション税制を狙うなら：年内に健診か予防接種を済ませる
- 申告前：確定申告書等作成コーナーで両方の控除額を入力して比較する
- 過去分：申告していない年があれば、5年以内かどうかを確認する
来年の申告をラクにするなら、記録の付け方を今から変える
医療費控除は毎年使える制度です。レシートを月ごとに封筒へ分ける、家計簿アプリや会計ソフトに医療費のタグを作っておく——この2つだけで、翌年の集計は数十分で終わります。個人事業主なら事業の記帳とあわせて管理すると二度手間になりません。
出典・参考（すべて公的一次情報）
- 国税庁 タックスアンサー No.1120「医療費を支払ったとき（医療費控除）」（令和7年4月1日現在法令等）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1120.htm - 国税庁「セルフメディケーション税制とは」（確定申告特集）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/keisubetsu/self-medication.htm - 国税庁「医療費控除を受ける方へ」（確定申告特集）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/keisubetsu/iryou-koujo.htm - 国税庁 タックスアンサー No.2030「還付申告」
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2030.htm - 厚生労働省「セルフメディケーション税制 対象品目一覧」
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000124853.html
- 本記事は2026年7月29日時点の公表情報をもとに、編集部が公的一次情報を整理したものです。税理士等の監修は受けていません。
- 税制は毎年改正されます。とくにセルフメディケーション税制は適用期限が定められた制度のため、申告の際は必ず国税庁の最新情報をご確認ください。
- 個別の判断（対象になる医療費の範囲、共働き世帯の申告者の選び方など）は、所轄の税務署または税理士にご相談ください。
