補助金の再申請はいつからできる？【2026年版】持続化補助金は様式第14の提出後さらに1年、加点は重点＋政策の2つまで

補助金の不採択通知が届いたとき、多くの人がまず調べるのは「次はいつ出せるのか」です。ところがこの答えは、あなたが落ちた人なのか、過去に通って補助事業をやり終えた人なのかで正反対になります。前者に回数制限はありません。後者には、2026年の第20回公募から実質2年近い待機期間が課されました。

この記事では、小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回公募の公募要領（第8版・2026年7月21日改版）を一次資料として、再申請がいつからできるのか、そして限られた2枠しか選べない加点をどう選ぶのかを、時系列と分岐で整理します。数字と条文は公式資料で裏取りし、出典を明記しています。

「落ちた人」に回数制限はない — まずここを切り分ける

持続化補助金の公募要領には「不採択になった事業者は次回申請できない」という規定は一切ありません。補助対象外となる事業者として列挙されているのは、あくまで採択を受けて補助事業を実施した事業者に関するものです。したがって、審査で落ちただけの人は、次の公募回に同じ事業計画で再申請しても、内容を練り直して出しても構いません。

ただし気をつけたいのは、同じ受付締切回への二重応募です。公募要領は「同一事業者からの同一受付締切回への応募は1件」と定め、複数応募が判明した場合はすべて不採択、採択後に判明したときは遡って採択を取り消すとしています。代表者が同じ複数の法人で同じ事業に申請すること、個人事業主としてと自分が代表を務める法人としての両方で同じ事業に申請することも認められません。複数の屋号を使っている個人事業主も応募は1件だけです。

再申請までの時系列 — 第20回で「もう1年」が足された

問題は、過去に採択されて補助事業を最後までやり切った事業者です。第20回公募要領の「3．補助対象外となる事業者」は、次の4事業（＜一般型 通常枠＞、第1〜16回の＜一般型＞、コロナ特別対応型、低感染リスク型ビジネス枠、＜創業型＞）で採択を受け補助事業を実施した場合、様式第14「小規模事業者持続化補助金に係る事業効果および賃金引上げ等状況報告書」が未提出の事業者を補助対象外としています。

そのうえで、同じ項にこう書かれています。過去に採択された事業者は「事業実施期間終了日の属する月の翌月から1年間が経過し、様式第14の提出を完了している場合に、申請が可能」。さらに第20回で採択され補助事業を実施する事業者については、「様式第14の提出を完了後、さらに1年が経過してから再度の申請が可能」と明記されました。この「さらに1年」が第19回までにはなかった追加要件です。

二度と申請できなくなるケースもある

待てば再申請できるケースばかりではありません。公募要領は、次の2つについては期間の定めなく補助対象外としています。ひとつは＜一般型＞の「卒業枠」で採択を受けて補助事業を実施した事業者。もうひとつは＜一般型 通常枠＞で「小規模事業者卒業加点」を使って採択され補助事業を実施した事業者です。

小規模事業者卒業加点は、常時使用する従業員を増やして小規模事業者の定義を超える規模へ成長することを支援する加点です。加点を取りにいくこと自体は選択肢ですが、この加点で採択されると持続化補助金からは「卒業」扱いになり、以後は申請できません。目先の加点1つと、次回以降の申請権を天秤にかける必要があります。

また、＜創業型＞に申請中または採択を受けている事業者は＜一般型 通常枠＞に申請できません。逆方向も同じで、両者は同時申請ができず、重複が判明すればすべて不採択です。創業から3年以内で両方の要件を満たす事業者は、どちらか一方を選ぶ必要があります。

加点は「重点1つ＋政策1つ」だけ — 3つ選ぶと加点審査から外される

再申請の可否と並んで誤解が多いのが加点です。持続化補助金の加点は「該当するものを全部選べば全部加算される」仕組みではありません。第20回では重点政策加点から1種類、政策加点から1種類の合計2種類までと定められており、それぞれの区分で2種類以上を選ぶと加点審査の対象外になります。欲張って選ぶと、加点がゼロになるという設計です。

第20回で新設された2つは、いずれも「もう持っているかどうか」で決まるタイプです。健康経営優良法人加点は、経済産業省などが認定する健康経営優良法人の認定を受けている事業者が対象で、GビズIDの登録情報と認定情報をもとに自動判定されます。申請前にGビズIDの登録内容が最新かどうかを確認しておかないと、認定を受けているのに拾われない事態が起こり得ます。

地域別最低賃金引上げ加点は、直近の最低賃金改定前に、改定後の水準以下で雇用していた従業員がいる事業者が対象です。2026年10月の改定で自社の時給が引き上げ対象になった小規模事業者は、この加点を検討する価値があります。

賃上げの判定方法が変わった — 加点狙いなら年平均2.0％

加点の中で最も多くの事業者が使ってきたのが賃金引上げ加点ですが、第20回で判定方法そのものが変わりました。第19回までは「事業場内最低賃金を申請時から30円以上引き上げる」という金額ベースでしたが、第20回からは従業員1人あたり給与支給総額を年平均2.0％以上増加させるという増加率ベースになっています。補助上限を150万円上乗せする賃金引上げ特例のほうは、同じ考え方で年平均3.0％以上です。

この変更は実務的にかなり重い意味を持ちます。最低賃金ベースであれば、いちばん時給の低い従業員を数十円上げれば要件を満たせました。給与支給総額ベースでは、事業所全体の人件費を計画的に増やす必要があり、賞与や残業時間の増減までが判定に効いてきます。公募要領は給与支給総額を「従業員に支払った給与等（給料、賃金、残業代、賞与等は含み、福利厚生費や法定福利費、退職金は除く）」と定義し、対象となる従業員は非常勤を含み、代表者・役員・専従者は含めないとしています。

再申請でつまずきやすい現場の落とし穴

2回目以降の申請では、1回目にはなかった種類のつまずき方をします。実際に公募要領が名指しで注意している論点を、現場で起こる順に並べます。

過去と同じ事業内容をそのまま出し直す

不採択後の再申請では、落ちた計画をほぼそのまま出し直したくなります。しかし本補助金は「事業者自らが検討しているような記載が見られない場合や、自らが検討していなかったことが発覚した場合、評価に関わらず不採択・交付決定取消となります」と明記しています。前回の計画をなぞるのではなく、審査観点に沿って組み直すことが前提です。第20回の審査では、経営方針や補助事業計画が売上高・売上総利益の増加を目指すものか、その効果が客観的事実にもとづいて目標設定されているかが重視されます。

第三者の支援を受けたのに様式2で申告しない

2回目の申請では外部のコンサルタントに頼むケースが増えます。公募要領は、第三者の支援を受けている（支援料金の支払いの有無を問わない）にもかかわらず、確認事項入力（様式2）の「商工会・商工会議所を除く第三者からのアドバイスの有無」の項目に相手方と支援に係る金額（着手金、成功報酬その他名目のいかんを問わず）の記載がない場合には、虚偽の報告として不採択・交付決定取消となると書いています。第三者支援者に対してヒアリングや現地調査が行われる場合もあります。

採択されたのに見積書を出し忘れて取り消される

採択は交付決定ではありません。第20回では採択発表が2027年3月頃の予定で、見積書等の提出期限は2028年2月29日です。この期限までに見積書等の提出がなされない場合は採択取消しと明記されています。また、補助金の対象となる経費の発注・契約・支出は「補助金交付決定通知書」に記載された交付決定日から可能で、それより前の発注・契約・支出は補助対象外です。採択通知書だけで動き出すと、その支出は1円も認められません。

前回の感覚で経費を組む

第20回では経費のルールも変わりました。広報費とウェブサイト関連費はそれぞれ上限30万円（税込）で、いずれも単独での申請はできません。第19回までウェブサイト関連費に区分していたインターネット広告・バナー広告・SNS広告・運用代行費は広報費へ移りました。相見積が必要な発注総額の基準も、100万円超（税込）から50万円超（税込）へ引き下げられています。中古品の購入は金額にかかわらず2者以上の見積が必須で、理由書による随意契約は認められません。

他の補助金の「再申請の壁」— 持続化だけの話ではない

再申請に制限を設けているのは持続化補助金だけではありません。新事業進出・ものづくり商業サービス補助金のFAQは、過去3年間に同グループの3つの補助金で交付決定を2回以上受けている事業者、または申請締切日から16か月以内に採択されている事業者（採択を辞退した者を除く）を補助対象外としています。「補助金の連続受給」に対する目線は、制度をまたいで厳しくなっているとみるのが実態に近いはずです。

また同FAQは、他制度への同時申請自体は可能としつつ、国（独立行政法人等を含む）の他制度と補助対象経費が重複する事業は補助対象外としています。持続化補助金の公募要領も「同一の補助事業（取組）について、重複して国の他の補助金を受け取ることはできません」と定め、他の補助金を受給中・受給予定なら双方の事務局にあらかじめ確認するよう求めています。落ちた補助金の計画を別の補助金へ横流しする場合は、経費の重複がないかを先に整理してください。

相場観と編集部の価値判断

「実質2年待ち」をどう受け止めるかは、事業者の立ち位置で変わります。ここでは編集部としての見立てを、根拠とセットで示します。

1度採択された事業者にとっては、実質的な「1社1回」に近づいた。第20回の実施期限は2028年3月31日、様式第14の提出はさらに1年後、そこから1年待つと2030年前後になります。補助上限50万円（特例で最大250万円）の制度で2年待つ前提なら、次の1回を待つより、いま使える他の制度や税制を並行して探すほうが現実的です。持続化補助金を「毎回出せる制度」として資金計画に組み込むのは、第20回以降は成り立ちません。

逆に、まだ一度も採択されていない事業者には追い風になり得る。過去の採択者が2年間申請できないということは、その分だけ申請者の顔ぶれが入れ替わります。採択率そのものを保証するものではありませんが、常連が抜ける効果は小さくないはずです。落ちた経験しかない事業者にとって、待機義務がないことは有利な条件です。

加点は「取りにいく」ものではなく「すでに持っているもの」から選ぶ。2枠しか使えない以上、加点のために新しく認定を取りにいく費用対効果は高くありません。経営力向上計画や事業継続力強化計画、健康経営優良法人など、すでに認定を持っているなら確実に1枠を埋め、残りの1枠を賃上げ関連に充てる、という順で考えるのが無理のない設計です。ただし賃上げ加点は年平均2.0％の実績報告が伴うため、達成できる裏づけがないなら選ばない判断も十分に合理的です。

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よくある質問

不採択になったら、何回でも再申請できますか

公募要領に不採択者の申請回数を制限する規定はありません。次の公募回に再申請できます。ただし同一の受付締切回に2件以上応募すると、すべて不採択となり、採択後に判明した場合は遡って採択を取り消されます。応募は1回につき1件です。

過去に持続化補助金で採択されました。次はいつ申請できますか

補助事業の実施期間終了日の属する月の翌月から1年が経過し、様式第14「事業効果および賃金引上げ等状況報告書」の提出を完了していることが条件です。さらに第20回で採択され補助事業を実施する事業者は、その提出完了からもう1年が経過してから再度の申請が可能になります。実質的な待機は約2年です。

加点はいくつまで選べますか

重点政策加点から1種類、政策加点から1種類の合計2種類までです。それぞれの区分で2種類以上を選ぶと加点審査の対象外になります。該当するものを全部選ぶのではなく、確実に要件を満たし証明書類を用意できるものを1つずつ選んでください。

前回と同じ事業計画で出し直しても問題ありませんか

形式上は禁止されていませんが、そのまま出し直す戦略は勧められません。第20回では補助対象事業の要件に「売上高・売上総利益の増加が見込めること」が加わり、審査でも客観的事実にもとづく目標設定が重視されます。また、事業者自らが検討した形跡が見られない申請は評価に関わらず不採択・交付決定取消とされます。前回の計画は素材として使い、数値根拠を作り直してください。

採択されたのに補助金をもらわなかった場合も、待機期間の対象ですか

公募要領が補助対象外としているのは「採択を受けて、補助事業を実施した」事業者です。交付決定前に辞退した場合は補助事業を実施していないことになりますが、辞退申請が承認されると取消はできません。自社がどちらに当たるかは、申請前に補助金事務局へ確認するのが安全です。

他の補助金にも同じような制限はありますか

あります。新事業進出・ものづくり商業サービス補助金のFAQでは、過去3年間に同グループの3補助金で交付決定を2回以上受けている事業者、または申請締切日から16か月以内に採択されている事業者（採択辞退者を除く）を補助対象外としています。制度ごとに条件が異なるため、申請前に各制度の公募要領とFAQで確認してください。

出典

• 小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回公募 公募要領 第8版（2026年7月21日改版）／小規模事業者持続化補助金事務局
• 商工会議所地区 小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞ 事務局サイト（申請受付開始・締切・様式4発行受付締切・見積書等提出期限の日程）
• 中小企業新事業進出促進補助金・ものづくり商業サービス補助金 よくあるご質問（過去の交付決定回数・他制度との重複・事業計画の重複）
• 小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞交付規程（2026年3月6日改定）

本記事は2026年8月20日時点で公開されている資料にもとづく編集部の整理です。公募要領は必要に応じて改定されます。申請時には必ず補助金事務局サイトで最新版をご確認ください。個別の可否判断については、地域の商工会・商工会議所または補助金事務局へお問い合わせください。